Η εκκλησία είναι αναπόσπαστο μέρος της ζωής  του Ελαφονησιώτη.

Πολιούχος του νησιού είναι ο Άγιος Σπυρίδωνας, ο ναός του οποίου αποτελεί σύμβολο για τον τόπο μας. Ο Άγιος Σπυρίδωνας αποτελεί και τη μοναδική ενορία της Ελαφονήσου, με Εφημέριο τον Πρεσβύτερο Ιωάννη Ν. Λιβανό.

Στην Ελαφόνησο υπάρχουν και άλλοι ναοί, ξωκλήσια και πολλά εικονοστάσια.