Το βασικό μορφολογικό χαρακτηριστικό της Ελαφονήσου είναι το ήπιο ανάγλυφο. Εξαίρεση αποτελούν ορισμένες μορφολογικά απότομες κλιτείς που αποτελούν μέτωπα θαλάσσιων αναβαθμίδων ή τις παρυφές τεκτονικών τάφρων όπως είναι το νότιο μέρος του  νησιού  και συγκεκριμένα στις βόρειες παρυφές της Λεύκης. Η Ελαφόνησος παρουσιάζει και ορεινό ανάγλυφο. Το ψηλότερο σημείο της είναι η Βάρδια, ύψους 275μ., ενώ μικρότερα είναι το βουνό Βαρδίτσα 144μ., η Βίγλα 134μ. στο κεντρικό τμήμα και ο Σειρός 178μ. στα ΝΔ.

Οι ακτές της είναι κυρίως βραχώδεις αλλά υπάρχουν και σημαντικές αμμώδεις παραλίες. Το μήκος των ακτών της Ελαφονήσου είναι 25,6 τετ. μ. και ο περίπλους της περίπου 17μίλια.

Στο νότιο τμήμα του νησιού σχηματίζονται οι όρμοι Σαρακήνικο και Φράγκο, ενώ ανατολικά ο όρμος της Λεύκης. Στο ΝΔ τμήμα συναντάμε το ακρωτήριο Αγ. Μαρίνα (για τους ντόπιους Χουλακούρα), ενώ στο ΝΑ τα ακρωτήρια Έλενα και Φράγκο. Στο ανατολικό τμήμα σχηματίζεται το ακρωτήριο Μύτικας και στο δυτικά οι μικρότεροι κάβοι Καλόγηρου και Λεπτός Κάβος. Στο δυτικό τμήμα του νησιού σχηματίζονται οι νησίδες Λεπτό νησί, Ποριά, Πρασονήσι, Κασέλλα και Αγλύφτης που μαζί με τη νησίδα Παυλοπέτρι, τις απέναντι ακτές και τη λίμνη Στρογγύλη σχηματίζουν την περιοχή της Ελαφονήσου.