Πολλές είναι οι αρχαιολογικές θέσεις που προκύπτουν από τα αρχαιολογικά και τα υποθαλάσσια αρχαιολογικά ευρήματα. Σύμφωνα με έρευνα για την οικοανάπτυξη της νήσου που πραγματοποίησε ερευνητική ομάδα του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου της Θεσσαλονίκης το 1984, υπάρχουν αναφορές για περίπου 16 θέσεις – αρχαιολογικοί χώροι στην Ελαφόνησο. Οι πρώτες αναφορές προέρχονται από ερευνητές ταξιδιώτες του 17 και 18 αιώνα. Σε νεότερες έρευνες ωστόσο τόσο Ελλήνων, όσο και ξένων ερευνητών-αρχαιολόγων κάποια από τα ευρήματα/θέσεις δεν επαληθεύτηκαν.

Εκτός από το Παυλοπέτρι μια άλλη βυθισμένη πόλη φαίνεται να υπάρχει, νότια από το Ακρωτήριο Έλενα, αλλά και στο Ακρωτήριο Φράγκο πληροφορίες ντόπιων μιλούν γα την ύπαρξη ναυαγίου. Ναυάγιο σε βάθος 3-3,5μ. φαίνεται να υπάρχει και στο δίαυλο μεταξύ Ελαφονήσου και χερσονήσου του Έλους.

Η Δημοτική αρχή της Ελαφονήσου δρομολογεί ενέργειες για την υλοποίηση προγραμμάτων με στόχο την έρευνα, την καταγραφή-αποτύπωση των παραπάνω, αλλά και την πραγματοποίηση γεωλογικής-γεωφυσικής έρευνας στο θαλάσσιο χώρο με σκοπό την παλαιογραφική αναπαράσταση της περιοχής, σε συνδυασμό με τους ενάλιους αρχαιολογικούς χώρους.