H ιδιαιτέρου φυσικού κάλλους περιοχή της Ελαφονήσου έχει χαρακτηριστεί ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας του δικτύου NATURA 2000 (GR2540002) -σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ του Συμβουλίου της 21ης Μαΐου 1992 για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων και της άγριας πανίδας και χλωρίδας.

Το Πρόγραμμα της Κοινοτικής Δράσης στον τομέα του Περιβάλλοντος προβλέπει μέτρα με στόχο την εξασφάλιση καθεστώτος προστασίας για τους φυσικούς οικοτόπους και τα είδη κοινοτικού ενδιαφέροντος.

Τα σημαντικότερα στοιχεία της Ελαφονήσου που την καθιστούν προστατευόμενη περιοχή Natura 2000, είναι οι αμμοθίνες και τα ενδημικά είδη χλωρίδας που εμφανίζονται αποκλειστικά στις παραλίες αλλά και την ευρύτερη περιοχή της Ελαφονήσου. Εξαιρετικής σημασίας στοιχείο αποτελεί η λιμνοθάλασσα «Στρογγύλη», καταγεγραμμένη ως υγρότοπος, η οποία παίζει καθοριστικό ρόλο στην ισορροπημένη λειτουργία του οικοσυστήματος της ευρύτερης περιοχής.

Η Ελαφόνησος παρουσιάζει τεράστιο οικολογικό ενδιαφέρον με τους σπάνιους φυτικούς και ζωικούς οργανισμούς. Η περιοχή χαρακτηρίζεται από μια ποικιλία τύπων οικοτόπων, οι περισσότεροι από τους οποίους είναι αρκετά καλά διατηρημένοι (τυπική αμμόφιλη και αλοφυτική χλωρίδα, συστάσεις κέδρων στις αμμοθίνες, δενδρώδεις διαπλάσεις με Juniperus oxvcedrus, υψηλοί θαμνώνες, βράχοι) που απαντούν φυτοκοινωνίες από τις πιο πλούσιες σε ποικιλότητα, καθώς και υποθαλάσσιες φυτοκοινωνίες, τις γνωστές ποσειδωνίες, κολπίσκους, κόλπους κ.α. Η χλωρίδα της περιοχής είναι πλούσια σε κοινά είδη, ενώ περιλαμβάνει ενδημικά και τοπικά ενδημικά είδη. Η περιοχή είναι πολύ σημαντική για τα μεταναστευτικά πτηνά τόσο ως τόπος αναπαραγωγής, όσο και ως ενδιάμεσος σταθμός ανάπαυσης. Εξίσου σημαντική είναι η παρουσία σπάνιων ειδών αμφίβιων, ερπετών και πουλιών που εμφανίζονται στην Ελαφόνησο, στην περιοχή του Μαλέα και στην ευρύτερη Λακωνία.