Ιστορικής σημασίας ναοί, μικρά εκκλησάκια, ξωκλήσια και εικονοστάσια υπάρχουν σε όλο το νησί. Τα περισσότερα σηματοδοτούν περιοχές, ανθρώπους και γεγονότα, συχνά συνδεδεμένα με θαλασσινές περιπέτειες. Κάποια χτίσθηκαν μετά από τάματα ντόπιων, οι οποίοι με συνέπεια φροντίζουν για τη συντήρηση και τη λειτουργία τους.

Άγιος Σπυρίδων

Ο Άγιος Σπυρίδωνας είναι ο πολιούχος και προστάτης των Ελαφονησιωτών. Ο ναός βρίσκεται στην είσοδο του λιμανιού πάνω σε μια βραχονησίδα που τη στολίζουν θαλασσόκεδρα. Σε συνδυασμό με το γεφύρι που ενώνει το ναό με το λιμάνι, αποτελεί το σύμβολο του τόπου.

Ο Άγιος Σπυρίδωνας κτίστηκε μαζί με τον οικισμό της Ελαφονήσου από τους πρώτους κατοίκους του νησιού που ήρθαν από την Μάνη το 1858 και  ανακαινίστηκε το 1862 Σε μια επιγραφή διαβάζουμε «κτήτορες Πασχάλης Γερακάρης και Φλωρούσα Δραγονίτσα σύζυγός του». Ο ίδιος ο Άγιος επέβαλε την παρουσία του στο νησί, αλλά και το σημείο ανοικοδόμησης του ναού. Πρόκειται για το μοναδικό ναϊκό ιστορικό μνημείο του νησιού.

Το εσωτερικό του ναού είναι απλό. Στο τέμπλο του -φτιαγμένο από πέτρα Μάλτας- βρίσκονται οι εικόνες της Παναγίας της Βρεφοκρατούσης και του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου (χρον. 1870), εικόνες του Χριστού Παντοκράτορα, του Αγίου Σπυρίδωνα, της Σύναξης των Αρχαγγέλων (χρον. 1882) και η εικόνα του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου (1882). Στο Ιερό του Ναού, φυλάσσεται εικόνα με παραστάσεις πολλών Αγίων (σε 5 ζώνες) λαϊκής τεχνοτροπίας του 18ου αιώνα και μεγάλη εικόνα του Αγίου Σπυρίδωνος με την υπογραφή: “Αναστ. Γιάννουκλας έγραψεν. Εν Καλάμαις 1926”. Επίσης εικόνα του Αγ. Γεωργίου του δρακοντοκτόνου (διάστ. 1,60 Χ 0,775μ.) που παρουσιάζει ιστορικό ενδιαφέρον.

Το γεφυράκι που συνδέει το ναό με το λιμάνι χτίστηκε περίπου το 1954-1955. Όταν ακόμη δεν υπήρχε το γεφύρι οι χωριανοί πατούσαν πάνω στα βράχια για να πάνε στην εκκλησία. Θυμούνται ακόμα τις νύφες που τις πήγαιναν αγκαλιά στην εκκλησία για να μην βραχούν.

Παναγία η Κατωνησιώτισσα

Η Παναγία η Κατωνησιώτισσα έχει δώσει το όνομα της στην πανέμορφη παραλία του Κάτω νησιού (παραλία Παναγίας) και στις μικρές νησίδες που την περιβάλουν (νησιά της Παναγίας). Ο ναός χτίσθηκε σε ύψωμα, στα ερείπια -σύμφωνα με μαρτυρίες ντόπιων- παλιού βυζαντινού ναού, περίπου το 1895. Υλικά και πέτρες χρησιμοποιήθηκαν από τον παλιό βυζαντινό ναό. Στο εσωτερικό του Ιερού διακρίνονται ακόμη παμπάλαιες αγιογραφίες. Γύρω από την εκκλησία υπάρχουν ενδείξεις μυκηναϊκού πολιτισμού (τάφοι και ευρήματα). Λένε, ότι η εκκλησία κατά την αρχαιότητα ήταν ναός της Αθηνάς.

Στην Παναγία την Κατωνησιώτισσα υπάρχει το μικρό κοιμητήριο των Κατωνησιωτών.

Άγιος Ιωάννης

Κοντά στο Μεγάλο Τηγάνι, στην περιοχή που αράζουν τα ferry, βρίσκεται ο Αη Γιάννης. Η εκκλησία χτίστηκε γύρω στο 1950 από μέλη της οικογένειας Αρώνη, στα ερείπια παλιότερης εκκλησίας που γκρεμίστηκε από την κακοκαιρία και τη θάλασσα. Το 1970 έγινε επιπλέον προσθήκη και έτσι ο ναός πήρε τη σημερινή του μορφή και διάσταση. Στο σημείο αυτό βρίσκεται και το κοιμητήριο της Ελαφονήσου. Ο Αη Γιάννης φαίνεται και από το δρόμο πηγαίνοντας προς τη Λεύκη.

Άγιος Ανδρέας

Στην περιοχή Καπάρι βρίσκεται από το 1972 η εκκλησία του Αγίου Ανδρέα. Η εκκλησία είναι τάμα του Ανδρέα Μ. Ψαρομμάτη, ο οποίος το πραγματοποίησε μετά τη διάσωση του από ναυάγιο. Η εκκλησία χτίστηκε εις μνήμην των παιδιών του κτήτορα, που χάθηκαν στο ναυάγιο.

Αγία Τριάδα

Στο δρόμο προς το Κάτω Νησί, στην περιοχή Γαϊδουρόσπηλο βρίσκεται η μικρή εκκλησία της Αγίας Τριάδας και του Τιμίου Σταυρού. Η ανοικοδόμηση του ναού ξεκίνησε το 1976 από την Ελαφονησιώτισσα Μαρίκα Αρώνη, η οποία κατόπιν οράματος (κοπέλα της υποδείκνυε σημείο για την ανοικοδόμηση του ναού, στο σημείο αυτό, φωτεινό σημάδι εμφανίστηκε χωρισμένο στα τρία) αποφάσισε και δρομολόγησε την ανοικοδόμηση του ναού. Το έργο ολοκληρώθηκε πρόσφατα, το 1996, μετά από μεγάλη προσπάθεια και αγώνα της Λαφονησιώτισσας και της οικογενείας της.

Άγιος Πατάπιος

Ο  Άγιος  Πατάπιος είναι ένα μικρό ξωκλήσι στην περιοχή του Αγλύφτη, το πιο δυτικό σημείο του νησιού. Ντόπια γυναίκα, η Τζένη Αρώνη, ύστερα από όνειρο που είδε, το 1960 έχτισε το μικρό ξωκλήσι. Το εικονοστάσι του Άγιου Πατάπιου υπήρχε παλιότερα στην παραλία του Κάτω νησιού, στα βράχια, στο σημείο Αυλάκι. Το εικονοστάσι είχε φτιάξει η μητέρα της Τζένης, Παναγιώτα Αρώνη. Πρόσφατα οι Ελαφονησιώτες φρόντισαν για την ανακατασκευή του μικρού και εγκαταλελειμμένου ναού, στο πιο δυσπρόσιτο και γεμάτο μυστικά σημείο του νησιού. Οι κάτοικοι πίστευαν ότι παλαιότερα υπήρχε κάποια εκκλησία εκεί, ενδεχομένως, ο ΄Αγιος Αγλύφτης.

Άγιος Αντώνιος

Ο ναός του Αγίου Αντωνίου στο Κάτω Νησί  είναι νεότερος ναός. Κτήτορας του Ιερού Ναού είναι η Ευαγγελία Κωνσταντινάκου.

και ο ναός της Αγίας Ειρήνης Χρυσοβαλάντου & του Αγίου Νεκταρίου

Στο Κάτω νησί, σε ιδιόκτητη τοποθεσία χτίσθηκε πρόσφατα ο μικρός ναός της Αγίας Ειρήνης της Χρυσοβαλάντους. Την εκκλησία έχτισαν η Μαρία και ο σύζυγος της  Αντρέας Π. Ψαρομμάτης μετά από τάμα στην Αγία. Η εκκλησία ακολουθεί το Πάτριο Εορτολόγιο.